V Olomouci působil od roku 1991 jako zástupce velitele a později velitel 2. armádního sboru až do října 1997, kdy se stal velitelem vojsk územní obrany v Táboře. V té době rovněž studoval na Královské vojenské akademii v Londýně. Mimořádné organizační schopnosti prokázal v době povodní na Moravě v červenci 1997, kdy řídil ústřední krizový štáb sídlící v Olomouci.